Sinopsis:

Un año después de los eventos sucedidos en Mai-Otome, Arika es ahora una Otome en toda regla (aunque todavía bajo la tutela de la señorita María) y Nagi está encarcelada en una prisión en algún lugar de Aries. Las diversas naciones están en paz entre sí y planean mantener S.O.L.T. para discutir la limitación del número de Otome.

Una misión para destruir un meteoro que amenaza con chocar con Earl pone en movimiento una cadena de eventos que resultan en una misteriosa figura en la sombra que ataca a Garderobe y varias Otome, así como una nueva versión más poderosa de Slave que aparece en todo el planeta. Para empeorar las cosas, la reina Mashiro desaparece tras una discusión con Arika. La serie sigue la búsqueda de Arika de Mashiro, así como los intentos de Garderobe de descubrir la verdad detrás de la figura sombría.