Sinopsis:

Después de un año en Estados Unidos, Kurisu Makise regresa a Akihabara y se reúne con Rintarou Okabe. Sin embargo, su reunión se interrumpe cuando Okabe comienza a experimentar destellos recurrentes de otras líneas de tiempo a medida que las consecuencias de su viaje en el tiempo comienzan a manifestarse. Estos efectos secundarios finalmente culminan en Okabe desapareciendo repentinamente del mundo y, para su sorpresa, sólo Kurisu tiene algún recuerdo de su existencia.

En medio de la desesperación, Kurisu se enfrenta a una decisión verdaderamente dificil que pondrá a prueba tanto su deber como científica como su lealtad como amiga: seguir los consejos de Okabe y no viajar en el tiempo para evitar las posibles consecuencias que pueda tener las líneas mundiales, o ignorarlo para rescatar a la persona que más aprecia. Independientemente de su decisión, el camino que elija es uno que afectará el pasado, el presente y el futuro.